De meestal placid wereld van moleculaire biologie heeft onlangs zijn verkerende met twee hevig geschillen. Hoewel blijkbaar gescheiden, worden de twee branden convergeren.
De eerste rij heeft betrekking op de zin "ongewenste DNA." Bedacht in 1972 door de geneticus Susumu Ohno, is het een poging om uit te leggen waarom uitgestrekte dierlijke genomes, veel meer in sommige soorten dan in andere, lijkt te dienen geen doel. Genen van alle soorten en hun besturingsprocessen maken misschien 9% van het menselijk genoom op zijn best. De rest kan worden deactiveren "junk", voornamelijk er omdat het is goed om zelf gedupliceerd. De zin heeft nog altijd een verrassende hoeveelheid aanval veroorzaakt. Verslagen van het in diskrediet brengen van junk-DNA theorie zijn frequente.
Wetenschappers willen weten als ze zijn recht om zich te concentreren op een deel van het genoom, en de rest negeren.
Waarom maakt het uit? Deels omdat wetenschappers willen weten of zij zijn recht om zich te concentreren op een deel van het genoom, de rest negeren, maar vooral omdat de kwestie test een evolutionaire theorie over hoe DNA-sequenties verspreiden kunnen, zelfs als ze niet ten aan het lichaam goede.
Eind vorig jaar, publiceerde een enorme team van wetenschappers met een consortium genaamd Encode een analyse van het menselijk genoom die zeiden toonde één of ander soort activiteit in 80% van het genoom. Ze gaf later toe dat misschien wel 20% eigenlijk functioneel is, maar drong erop aan de uitdrukking "ongewenste DNA" kan nu worden "volledig geschrapt uit het lexicon."
Volgens Dan Graur van de Universiteit van Houston en zijn collega's, ook dit is een wilde overschatting-niet in het minst omdat het gebruik maakt van een "causale rol" definitie van de functie die is helemaal verkeerd, alsof je te beschrijven onder het hart functies toe te voegen 10.5 gram aan het gewicht van het lichaam, samen met bloed pompen. Na een paar uitwisselingen, de teamleider Encode Ewan Birney toegegeven dat achteraf gezien, het team zijn conclusies overdreven. Maar hij voegde eraan toe dat wat de interpretatie, de gegevens coderen gezond zijn.
Zijn ze? Hier is waar de junk-DNA rij voldoet aan de andere brand in moleculaire biologie. Alle gegevens van de Encode waren afgeleid van kankercel lijnen. Ziet er steeds meer onverstandig om te beschrijven van menselijke kankercellen als het menselijk genoom. De meeste kankercellen hebben extra chromosomen, versnipperd en herschikt DNA en ongebruikelijke patronen van gene activiteit.
Als om te illustreren, vorige maand een consortium van wetenschappers gevestigd in Heidelberg, Duitsland, geanalyseerd en sequenced het genoom van een bepaald type van HeLa cel, een onsterfelijke laboratorium cellijn op grote schaal gebruikt sinds 1952. Zij beschreven een genoom die eruit ziet als een bom is verdwenen uit in het. Er zijn drie exemplaren van de meeste chromosomen, maar slechts één exemplaar van vele genen. Flinke brokken hebben zijn geschud om andere chromosomen, en sommige chromosomen hebben geleden onder "chromothripsis", die een van de wetenschappers beschrijft als zijnde "geblazen uit elkaar en terug elkaar in een willekeurige volgorde geplakt." Een persoon met deze genoom kon nooit geboren worden.
Nog — en hier is de bron van de controverse — de HeLa cellijn werd afgeleid van de tumor die gedood een arme, zwarte tabak boer genaamd Henrietta Lacks in Baltimore in 1951. Als Rebecca Skloot heeft gedocumenteerd in een opmerkelijke beste verkoper ("The Immortal leven van Henrietta Lacks"), de medische gemeenschap nooit kreeg haar toestemming en haar familie met tactloos gebrek aan respect behandeld voor jaren — tot MS Skloot boek begon om een verschil te maken.
Niet genoeg van een verschil, blijkbaar. De Duitse ploeg niet naar de toestemming van de familie ontbreekt voordat u publiceert de HeLa volgorde, beweren bleek niets specifiek over MS mist genoom. "Uw claim is zo verkeerd dat ik niet waar weet te beginnen," antwoordde een geneticus. Sindsdien is de reeks niet-gepubliceerde.
Dus hier is de paradox: een kanker genoom als HeLa mogelijk niet voldoende representatief van menselijke genomen om op te lossen de ongewenste vraag van DNA, maar kan nog steeds weggeven prive-informatie over de mens van wie het afgeleid.
No comments:
Post a Comment